Zarząd WKD natychmiast podjął radykalne działania w kierunku wprowadzenia nowej jakości usług: drogą konkursu wprowadzono nowe logo oraz barwy Spółki, czerwono-niebieskie. Od 1 listopada 2001 roku pasażerom pociągów umożliwiono zakup biletów jednorazowych u maszynistów (za dodatkową opłatą). Nowy system identyfikacji wizualnej pojawił się na taborze, wiatach oraz ławkach przystankowych. W dniu 6 stycznia 2002 roku wszedł w życie nowy rozkład jazdy pociągów, a wraz z nim dodatkowe kursy na najbardziej popularnym odcinku pomiędzy Komorowem i Warszawą.

W dziedzinie bezpieczeństwa podróżnych podjęto współpracę z lokalnymi samorządami, czego pierwszym efektem było sfinansowanie zakupu i montażu przez władze Grodziska Mazowieckiego kamer monitorujących teren stacji końcowej przy ul. Radońskiej. W następnej kolejności monitoring pojawił się na terenie elektrowozowni. Współpraca z samorządami zawiązała się również na polu porządkowania otoczenia przystanków wzdłuż linii, np. na wiatach poza logotypem WKD umieszczono także herby gmin; wzdłuż peronów i skarp zasadzono nowe krzewy. Grodziski samorząd pomógł wyremontować przystanek przy ul. Radońskiej wraz z dojściem do siedziby Spółki, a także sfinansował przeszkloną wiatę dla zabytkowego wagonu EN80-16s na terenie elektrowozowni.

1 lutego 2002 roku wprowadzono bilety strefowe, których cenę uzależniono od czasu przejazdu. Dotychczas obowiązująca opłata niezależna od ilości przystanków, pozostała tylko dla najkrótszej strefy. Mimo początkowego spadku, od 2002 roku liczba pasażerów stopniowo wzrasta. Wprowadzenie nowych stref w zależności od czasu przejazdu dotyczyło jedynie biletów jednorazowych, natomiast ceny biletów okresowych nadal ustalano według odległości i w przeważającej części pozostały one bez zmian. W związku z nowym systemem biletowym zainstalowano w pociągach nowe elektroniczne kasowniki, których producentem były Kolejowe Zakłady Łączności Sp. z o.o. z Bydgoszczy. Ponadto znacznie rozszerzono ajencyjną sieć punktów sprzedaży biletów oraz uszczelniono system ich kontroli.

W 2002 roku przypadła 75. rocznica uruchomienia linii EKD. Z tej okazji na terenie elektrowozowni w Grodzisku Mazowieckim reaktywowano Izbę Tradycji EKD/WKD (dotychczas pamiątki mieściły się w niewielkich pomieszczeniach w Podkowie Leśnej oraz w Muzeum Kolejnictwa w Warszawie). W specjalnie do tego celu przystosowanym budynku pojawiły się nowe ekspozycje, uzupełniane na bieżąco w kolejnych latach prywatnymi zbiorami. Od 21 września 2008 roku Izba Tradycji nosi imię Tadeusza Gawrońskiego, długoletniego pracownika WKD oraz współzałożyciela działającego przy Izbie Klubu Miłośników EKD/WKD.

Zgodnie z określonym harmonogramem przekształceń WKD, kolejnym etapem po utworzeniu samodzielnej spółki miała być jej sprzedaż. Wybrana przez PKP S.A. firma doradcza do końca 2002 roku miała zaproponować koncepcję prywatyzacji. Warto zwrócić uwagę, ze w rzeczonym okresie rentowność przedsiębiorstwa zbliżała się do 100% (w 2003 roku, przy 80% w 2002 roku). Konsultanci zaproponowali prywatyzację poprzez sprzedaż prywatnemu operatorowi. Pojawiły się wówczas obawy, iż czysto komercyjne podejście takiego właściciela spowoduje likwidację wszystkich nierentownych kursów, ale potrzebnych z punktu widzenia interesu społecznego (nocnych i w dni wolne). Władze samorządowe od początku jednak opowiadały się za nieodpłatnym bądź symbolicznym przekazaniem majątku WKD specjalnie powołanemu w tym celu związkowi komunalnemu. W wyniku przeprowadzonego przez PKP S.A. postępowania najpoważniejsze oferty złożyli: „Polski Express” – operator na rynku krajowych dalekobieżnych połączeń autobusowych oraz Konsorcjum Samorządowe. Nowy inwestor miał zobowiązać się do poniesienia nakładów na nowy tabor, modernizację i rozbudowę infrastruktury oraz nowe technologie w zarządzaniu, obsłudze i sprzedaży usług.

Urząd Marszałkowski Województwa Mazowieckiego chcąc wzmocnić pozycję samorządów w prowadzonych negocjacjach przekazał Spółce w dniu 29 sierpnia 2004 roku w użytkowanie zakupiony z własnych środków nowoczesny, elektryczny zespół trakcyjny serii EN95 (oznaczenie fabryczne 13WE).

Ostatecznie przetarg ogłoszony przez PKP S.A. na sprzedaż udziałów Spółki PKP WKD Sp. z o.o. wygrało Konsorcjum Samorządowe. W skład Konsorcjum wchodziły: Samorząd Województwa Mazowieckiego, Urząd Miasta Stołecznego Warszawy oraz sześć gmin leżących na trasie WKD. W myśl tego 29 grudnia 2004 roku parafowano projekt umowy pomiędzy PKP S.A. a Konsorcjum w sprawie zbycia wszystkich posiadanych w spółce udziałów. Podpisanie umowy sprzedaży udziałów przez wszystkie zainteresowane strony nastąpiło 30 września 2005 roku. Przeniesienie udziałów na kupujących miało nastąpić po spełnieniu określonych warunków zawieszających, co ostatecznie miało miejsce 27 września 2007 roku. 100% udziałów spółki WKD zostało podzielone pomiędzy Samorząd Województwa Mazowieckiego, który objął łącznie 73% udziałów (dodatkowo przejmując wcześniejsze zobowiązania m.st. Warszawy) oraz 6 gmin wzdłuż linii – pozostałe 27%. Od tego momentu liczba właścicieli spółki pozostaje bez zmian, natomiast w związku z sukcesywnym podnoszeniem kapitału zakładowego przedsiębiorstwa i obejmowanymi tą drogą nowymi udziałami Samorząd Województwa Mazowieckiego dysponuje już ich łączną liczbą dochodzącą do niemal 98% (w ramach objęcia dodatkowych udziałów w dniu 20 listopada 2007 roku Samorząd Województwa Mazowieckiego wniósł aportem do spółki pojazd EN95-01).

Elektryczny zespół trakcyjny EN94-17 w nowych barwach WKD, wprowadzonych w 2002 r., stacja Podkowa Leśna Główna

Elektryczny zespół trakcyjny EN95-01 podczas uroczystości przekazania do eksploatacji, stacja Grodzisk Mazowiecki Radońska, 29 sierpnia 2004 r.

Uroczystość podpisania umowy sprzedaży udziałów spółki PKP WKD Konsorcjum Samorządowemu, Podkowa Leśna – Stawisko, 30 września 2005 r.

Hala przeglądowo-naprawcza taboru kolejowego, Grodzisk Mazowiecki, 2006 r.

Elektryczny zespół trakcyjny EN94-31 podczas obsługi porannego szczytu przewozowego, przystanek osobowy „Michałowice”, 2008 r.

Zobacz więcej