Przy budowie linii wykorzystano najnowocześniejsze wówczas rozwiązania techniczne. Linia została wyposażona w nowoczesny system prowadzenia pociągów oparty na automatycznej sygnalizacji świetlnej sprowadzonej ze Szwecji, zapewniającej wysoki poziom bezpieczeństwa ruchu pociągów oraz nieosiągalną na kolejach państwowych częstotliwość kursowania pociągów. Poza sygnalizacją zachwyt wzbudzały wagony silnikowe i doczepne sprowadzone z Anglii, rozwijające zawrotną jak na owe czasy prędkość 70 km/h, wyposażone w hamulce powietrzne Westinghouse’a. Dojazd do centrum Warszawy miał zapewnić wysoką frekwencję i odpowiednio wysokie wpływy.
W październiku 1947 roku rozpoczęto proces upaństwowienia spółki akcyjnej EKD. Przejęcie przez PKP sfinalizowano w 1951 roku, przekazując linię Dyrekcji Okręgowej Kolei Państwowych w Warszawie i zmieniając nazwę z Elektrycznych Kolei Dojazdowych na Warszawską Kolej Dojazdową. Upaństwowiona WKD nadal niezmiennie zapewniała doskonałą i tanią komunikację. Po 1960 roku w miarę nasilania się ruchu samochodowego, rozpoczęto likwidację odcinków miejskich w Grodzisku Mazowieckim (1966) i Milanówku (1972) oraz między Włochami i Warszawą (1971).
Na szczęście, w okresie powojennym zasięg linii nie tylko redukowano, ale modernizowano na tych odcinkach, na których miały zostać skoncentrowane główne przewozy. W latach 1960-1975 wymienione zostały drewniane konstrukcje wsporcze sieci trakcyjnej na metalowe, wybudowano trzy nowe podstacje trakcyjne, zmieniono układy torowe na stacjach: Komorów, Podkowa Leśna Główna i Grodzisk Mazowiecki Radońska, przebudowano sygnalizację świetlną, wybudowano nową halę przeglądowo-naprawczą dla taboru oraz budynek administracyjno-socjalny. W 1963 roku zlikwidowano część miejskiego odcinka linii WKD na ulicach Nowogrodzkiej i Tarczyńskiej, wprowadzając w zamian do wykopu linii średnicowej w pobliżu stacji Warszawa Zachodnia. Wybudowana została także nowa stacja Warszawa Śródmieście WKD, na poziomie torów linii średnicowej przy ul. Chałubińskiego, która do dnia dzisiejszego pozostaje stacją końcową linii WKD.
Rozkwit EKD
W 1972 roku ostatecznie wycofano stary, liczący 45 lat tabor produkcji angielskiej i zastąpiono go elektrycznymi zespołami trakcyjnymi serii EN94 wyprodukowanymi we wrocławskim PaFaWag-u. W ostatnim dniu 1974 roku, w godzinach popołudniowych 31 grudnia, po raz ostatni zmieniono przebieg linii na miejskim odcinku w Warszawie, wycofując ją z ulicy Szczęśliwickiej i prowadząc w kierunku linii średnicowej już od przystanku „Warszawa Raków”.
W 1989 roku zakończono ostatnią dużą inwestycję, zrealizowaną w ramach przynależności WKD do struktur PKP – wymianę nawierzchni na całej długości linii, na znaczącym odcinku wprowadzając tor bezstykowy ułożony na podkładach betonowych. Kolejne przedsięwzięcia inwestycyjne o tak szerokim zakresie Warszawska Kolej Dojazdowa będzie mogła podjąć ponad 20 lat później po przejęciu przez samorząd szczebla regionalnego - jako spółka samorządowa.
W połowie lat 90. XX wieku Polskie Koleje Państwowe postanowiły wyodrębnić WKD ze swoich struktur. 1 lutego 1994 roku utworzono Zakład Eksploatacji Linii WKD w Grodzisku Mazowieckim. Przełomem była jednak decyzja Rządu RP o komercjalizacji Polskich Kolei Państwowych, na podstawie której majątek WKD wydzielono z majątku PKP.
22 grudnia 2000 roku została utworzona spółka PKP Warszawska Kolej Dojazdowa Sp. z o.o., z własnym zarządem i budżetem, która działalność gospodarczą rozpoczęła w dniu 1 lipca 2001 roku. Od tego momentu spółka podjęła do realizacji szereg działań mających na celu zaznaczenie swojej odrębności, poprawę bezpieczeństwa podróżowania oraz estetyki na stacjach i przystankach osobowych WKD.